Se desarrollan varios proyectos por parte de investigadores del Centro de Zoología Aplicada de la Universidad de Córdoba, estudiantes del programa de posgrado en Manejo de Vida Silvestre y de investigadores asociados de otras instituciones.
Entre los proyectos en marcha pueden incluirse estudios de ecología y relevamiento de aves, ecología de flamencos y estudios de limnología básica, particularmente monitoreo periódico de la laguna Mar Chiquita.
Recientemente se ha iniciado un estudio de las migraciones de patos en humedales de Argentina basado en el seguimiento satelital de individuos marcados (ver página en esta sección).
Asimismo, se desarrollan proyectos de investigación destinados a aportar información de base para la elaboración del Plan de Manejo de la Reserva Mar Chiquita.